菌剂是农用微生物菌剂的简称，对应的标准是《农用微生物菌剂》（即微生物接种剂）（GB 20287-2006），是指1种或1种以上的目标微生物经工业化生产扩繁后直接使用或仅与利于该培养物存活的载体吸附所形成的活体制品，它是菌肥大类的其中一种。

国标功能菌的含量为2亿/克，这是微生物肥料类中功能菌含量最高的一种，是少量使用的。主要用途是与其他畜禽粪便、植物秸秆及其他动植物残体一起施用，或者发酵起到腐熟和补充有益功能菌的作用。菌剂一般包装小2-5公斤，亩用量也是2-10公斤就可以了。

菌肥是老百姓和部分经销商对微生物肥料的简称，是指目标微生物经工业化生产扩繁后与营养物质等复合而成的、含有该培养物活体的制品，它在单位面积上的用量较大，目前可分为复合微生物肥料、生物有机肥和农用微生物菌剂，即涵盖菌剂。

菌肥一般包装较大，多为40kg，也有25kg和50kg包装的，一般亩用量较大，按照目前全国各地亩有机质含量在1.0%左右的情况，一般果树要200-500公斤左右。大肥料菌肥目前的市场价格比较集中在2000-3000之间，以逐步成为市场的主流肥料。一般复合微生物肥料和生物有机肥的每亩使用量超过200kg，而农用微生物菌剂在单位面积上的用量少，一般每亩用量2-5kg。

为区别，一般农用微生物菌剂简称菌剂，是小肥料，是配剂。把复合微生物肥料和生物有机肥简称菌肥，是大肥料。在国家标准制定中，微生物菌剂是微生物肥料中的一类，目前在微生物菌剂产品登记的152种菌种中，使用频率较大的前10位菌种分别为：枯草芽孢杆菌、胶冻样类芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌、巨大芽孢杆菌、解淀粉芽孢杆菌、酿酒酵母、侧孢短芽孢杆菌、细黄链霉菌、植物乳杆菌、黑曲霉，其中芽孢杆菌占75%。目前在市场上推广时，微生物菌剂按内含的微生物种类或功能特性分为：根瘤菌菌剂、固氮菌菌剂、解磷类微生物菌剂、硅酸盐微生物菌剂、光合细菌菌剂、有机物料腐熟剂、促生菌剂、菌根菌剂、生物修复菌剂；剂型以液体为主，也有粉剂、颗粒型。

根据不同地区不同作物，微生物菌剂大多以4种方式使用，作底肥每亩用量2kg，耕地时均匀撒施；作追肥，每亩用量1-2kg追施；作滴灌与冲施，取清液配合常规肥料浇灌，残渣作基肥用，改良土壤；作种肥，适量拌种，按常规育苗或播种方法使用。